Στις 26 Σεπτεμβρίου 1687, κατά τη διάρκεια του Βενετοτουρκικού Πολέμου (ή Μοραϊκού Πολέμου), ο Παρθενώνας υπέστη μία από τις μεγαλύτερες καταστροφές στην ιστορία του. Ο Βενετός στρατηγός Φραντσέσκο Μοροζίνι, επικεφαλής της εκστρατείας για την ανακατάληψη της Αθήνας από τους Οθωμανούς, βομβάρδισε την Ακρόπολη, όπου οι Οθωμανοί είχαν οχυρωθεί.
Οι Οθωμανοί είχαν μετατρέψει τον Παρθενώνα σε αποθήκη πυρομαχικών, πιστεύοντας ότι η ιστορική σημασία του θα τον προστάτευε από επιθέσεις. Ωστόσο, μία βολή από βενετικό πυροβόλο που είχε τοποθετηθεί στον λόφο του Φιλοπάππου χτύπησε την αποθήκη αυτή, προκαλώντας τεράστια έκρηξη. Η έκρηξη προκάλεσε την κατάρρευση της στέγης και μεγάλου μέρους των τοίχων του κτηρίου, ενώ πολλά γλυπτά, όπως το διάσημο ανάγλυφο του Φειδία, καταστράφηκαν ή έπεσαν κάτω. Από την έκρηξη σκοτώθηκαν περίπου 300 άνθρωποι, και μεγάλες φωτιές εξαπλώθηκαν σε όλη την περιοχή.
Η καταστροφή του Παρθενώνα ήταν ένα από τα τραγικότερα γεγονότα για την αρχαία κληρονομιά της Ελλάδας, αφού σημαντικά τμήματα της αρχιτεκτονικής και γλυπτικής του χάθηκαν για πάντα. Παρότι οι Βενετοί κατάφεραν να καταλάβουν την πόλη, η παρουσία τους στην Αθήνα ήταν σύντομη. Λίγο αργότερα, αναγκάστηκαν να την εγκαταλείψουν, αφήνοντας τον Παρθενώνα σε ερείπια.
Η έκρηξη του 1687 ήταν καθοριστική για τη σημερινή εικόνα του Παρθενώνα, που πλέον παραμένει ως σύμβολο αντοχής και καταστροφής. Παρά τις ανθρώπινες επεμβάσεις και τις φυσικές καταστροφές, ο Παρθενώνας εξακολουθεί να αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα μνημεία της παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς.